Fin de la Période d’Edo.

Un démon massacre des milliers de personnes. Après l’avoir vaincu, les Chevaliers de la Croix-Vraie scellent son oeil gauche dans le recoin le plus secret de l’Académie afin que celui-ci ne puisse plus causer de dégâts.

Mais dernièrement, il a été dérobé et un enfant a été pris en otage. Rin, Yukio et leurs camarades se portent volontaires pour participer à cette enquête qui les mènera à Kyoto dans les méandres d’une conjuration particulièrement sombre...